Episode n°1 : La vie avant tout (Search and Rescue)

Samantha Carter organise une mission de secours pour venir en aide aux habitants d’un monde victimes d’une explosion massive. En même temps, elle doit combattre Michael et sa nouvelle armée de "super wraith" car ce dernier veut lui aussi récupérer des survivants de l’explosion

Episode n°2 : Contamination (The Seed)

Quand un organisme étranger frappe d'incapacité le Docteur Keller, le docteur Beckett est sorti de sa stase pour trouver une solution à ce mystérieux problème

Episode n°3 : Une question d'honneur (Broken Ties)

Ronon est capturé par les Wraiths qui tentent de le transformer en adorateur des wraiths par le biais d'un lavage de cerveau

Episode n°4 : Tous les possibles (The Daedalus Variations)

Un vaisseau identique au Dédale apparait inexplicablement. Après être montés à bord, un pic d'énergie se produit et la cité d'Atlantis a disparu. Le vaisseau se déplace dans des dimensions parallèles. L'équipe doit alors tout faire pour revenir dans notre dimension.

Episode n°5 : Les fantômes du passé (Ghost in the Machine)

Quand les Asuran tentent de faire l'ascension, celà entraine quelques problèmes et le Dr Weir utilise Fran pour communiquer avec Atlantis.

Episode n°6 : Seconde enfance (The Shrine)

Rodney McKay souffre d'une version pégasienne du virus Alzheimer et perd très rapidement la mémoire et retourne à un état enfantin. Son état a été diagnostiqué trop tard pour le soigner mais Ronon pourrait bien avoir la réponse qui le sauvera.

Episode n°7 : Les démons de la brume (Whispers)

Revenu d'entre les morts, le Dr Beckett et une équipe d'exploration font une découverte intéressante sur une autre planète.

Episode n°8 : La nouvelle reine (The Queen)

Teyla se fait passer pour la Reine de Todd afin de mener des négociations avec d'autres vausseaux ruches.

 

Episode n°9 : Jeu de piste (Tracker)

L'équipe se rend sur un monde récemment visité par les Wraiths, mais ils doivent rapidement secourir le Dr Keller qui s'est fait kidnapper par un "runner"

Episode n°10 : Premier contact 1/2 (First Contact, part 1)

Daniel revient sur Atlantis pour faire quelques recherches sur Janus, un scientifique Lantien

 

Episode n°11 : La tribu perdue 2/2 (The Lost Tribe, part 2)

Les membres de l'équipe de Sheppard se retrouvent dispersés un peu partout dans la galaxie

Episode n°12 : Les balarans (Outsiders)

Sheppard et son équipe doivent évacuer des survivants de l'empoisonnement à la drogue Hoffan avant qu'ils ne soient exterminés par les Wraiths...

 

Episode n°13 : Inquisition

L'équipe de Sheppard doit répondre de ses actes dans la galaxie face à une coalition d'humain de Pegase

Episode n°14 : Le fils prodigue (The Prodigal)

La situation sur Atlantis est grave, Michael est parvenu à s'infiltrer dans la cité et à en prendre en partie le contrôle...

 

Episode n°15 : Les sekkaris (Remnants)

Alors que Sheppard a été enlevé et que Woolsey fait la connaissance de la mystérieuse docteur Conrad, l'expédition fait une découverte choquante sur la nature d'une ancienne race ayant vécue sur cete planète.

Episode n°16 : Rendez-vous glacial (Brain Storm)

Rodney McKay retrouve son rival lors d'une démonstration scientifique qui va réserver des sueurs froides à tous les invités.

 

Episode n°17 : Entre la vie et la mort (Infection)

Le vaisseau-ruche de Todd apparait près d'Atlantis et demande de l'aide aux Atlantes car la génothérapie du docteur Keller ne se déroule pas comme prévu : le virus de Keller à contaminé le vaisseau ruche qui est en train de se faire détruire par ce meme virus

Episode n°18 : Identité (Identity)

Subitement, une malfrate du nom de Nina Kerson se retrouve dans le corps du Docteur Keller et poignarde Zelenka qui pose trop de questions à son goût. Peu de temps après, l'équipe de Sheppard s'aperçoit que le docteur Keller n'est pas elle-même lorsqu'elle menace Rodney avec une arme pour s'enfuir en Jumper. Sheppard et son équipe vont donc essayer de remettre les choses dans l'autre.

Episode n°19 : Las Vegas (Vegas)

Dans une dimension parallèle, un mystérieux tueur en série opère à Las Vegas. Ce dernier a recours à une technique inconnue car ses victimes ont toutes été drainées de leurs forces vitales. L'enquête est confiée au détective local, John Sheppard. Cependant, malgré sa longue expérience de ce genre d'affaires, il éprouve des difficultés pour résoudre cette affaire, étant confronté à un nouveau type de meurtrier.

Episode n°20 : L'empire contre-attaque (Enemy at the Gate)

Todd contacte Atlantis pour leur révéler qu'un Wraith subalterne a réussi à obtenir plusieurs EPPZ et qu'il les a utilisés pour alimenter un formidable nouveau vaisseau ruche. Il presse alors Woolsey d'attaquer et détruire ce vaisseau avant qu'il ne devienne une menace pour Atlantis. A bord du Dédale, le colonel Caldwell, le colonel Sheppard et le reste de l'équipe se précipitent pour engager cette nouvelle ruche. Mais ce nouveau vaisseau amélioré grâce aux EPPZ prouve qu'il est un très puissant adversaire, paralysant le Dédale avant de faire un soudain et inexplicable saut en hyperespace. Perplexe devant ce départ soudain des Wraith, l'équipe découvre un faible signal subspatial Wraith (voir épisode précédent). En l'analysant, McKay remarque vite que ce message a été envoyé, à travers le sous-espace, d'une autre réalité. Une fois déchiffré, leurs pires craintes se concrétisent. Le message Wraith contient les coordonnées de la Terre !