Episode n°1 : Une Nouvelle Ère 1/2

Isolée dans une galaxie inconnue, l'équipe d'Atlantis est confrontée à un terrifiant ennemi : les Wraiths. Sheppard lance alors une mission de sauvetage pour libérer ses compagnons captifs.

Episode n°2 : Une Nouvelle Ère 2/2

Suite de l’épisode précédent ...

Episode n°3 : Invulnérable

McKay se porte volontaire pour expérimenter le gène des Anciens. Mais il déchante vite lorsqu'il est incapable de désactiver son bouclier personnel. En même temps, une entité ère dans la cité.

Episode n°4 : 38 Minutes

En plein combat avec les Wraiths, Sheppard se fait piquer par un insecte. Alors qu'ils fuient vers la Porte, les Wraiths touchent le Jumper, et ce dernier se retrouve bloquer dans la Porte.

Episode n°5 : Soupçons

L'équipe de Sheppard est victime de plusieurs attaques lors de mission d'exploration. Bates et Weir en déduisent qu'il y a un espion dans les rangs. Mais qui ?

Episode n°6 : La Fin de l'Innocence

L'équipe atterrit sur une planète peuplée d'enfants. Leur jeunesse serait un frein aux récoltes des Wraiths. Mais Rodney découvre un E2PZ dans des ruines et décide de le tester sur Atlantis.

Episode n°7 : Sérum

L'équipe rencontre les Hoffans. Ces derniers ont archivé leur savoir afin de mettre au point un sérum contre les Wraiths. Beckett est prêt à les aider pour perfectionner ce sérum.

Episode n°8 : Apparences

Les provisions se font rares sur la cité, et l'équipe va essayer de commercer avec les Genii. Mais cette alliance sera vouée à l'échec quand ils découvriront le vrai visage de ce peuple.

Episode n°9 : Retour sur Terre

Echouée dans la galaxie Pegasus, l’équipe Atlantis est à la recherche de nouvelles sources d'énergie pour donner assez de puissance supplémentaire à la porte pour retourner à la maison, la Terre...

Episode n°10 : En Pleine Tempête 1/2

Une énorme tempête menace la cité et les Athosiens. Alors que Weir et Sheppard préparent l'évacuation, les Genii profitent de la situation pour envahir Atlantis.

 

Episode n°11 : En Pleine Tempête 2/2

La tempête redouble d'intensité, et un raz de marrée menace la cité. McKay tente alors d'utiliser la foudre pour alimenter le bouclier de protection et éviter sa destruction.

Episode n°12 : Duel

Alors qu'ils partent explorer un satellite Ancien, Sheppard et McKay détectent l'épave d'un vaisseau Wraith. Mais son exploration tourne mal lorsqu'ils se face à face avec le seul survivant.

 

Episode n°13 : Virus

Plusieurs résidents d'Atlantis sont pris d'hallucinations puis tombent foudroyés. Un virus nanite d'origine inconnu les a infecté et menace toute la cité qui est mise en quarantaine...

Episode n°14 : Hors d'Atteinte

L'équipe découvre un monde protégé des Wraiths, dominé par Chaya. Pour la convaincre de partager ce refuge, John l'amène sur Atlantis. Mais Rodney pense qu'elle leur cache quelque chose.

 

Episode n°15 : Le Grand Sommeil

Une vieille femme est retrouvée en état de stase dans un lieu encore inexploré d'Atlantis. L'équipe est choquée de découvrir qu'il s'agit du Docteur Weir elle-même. Elle va alors raconter son voyage de 10000 dans le passé...

Episode n°16 : La Communauté des Quinze

En parcourant les archives de Dagan, l'équipe découvre qu'un E2PZ fût confié à une communauté. Décidés à le retrouver, ils se lancent dans cette quête. Mais rapidement Kolya va les rejoindre.

 

Episode n°17 : Derniers Messages

Les vaisseaux ruches des Wraiths seront bientôt aux portes d'Atlantis. L'expédition Atlantis trouve le moyen d'envoyer un message vers la Terre à travers la porte des étoiles grâce à McKay. Le message est constitué de vidéos de chaque membre de l'équipe pour leur famille...

 

Episode n°18 : Sous Hypnose

Assaillie par de terribles cauchemars, Teyla découvre grâce à l'aide de sa grand-mère qu'elle est une descendante d'humains victimes d'expériences génétiques des Wraiths...

Episode n°19 : Assiégés 1/2

Alors que trois vaisseaux volent vers la cité, McKay parvient à activer le satellite de défense. Pendant ce temps, Zelenka prépare l'autodestruction de la cité, et le major découvre un espion.

Episode n°20 : Assiégés 2/2

Alors que la cité est évacuée, un contingent militaire arrive de la Terre, mais malgré son aide la cité semble perdue.